Un 22 de junio de 2020 falleció Carlos Luis Morales, la causa de su muerte ha sido un misterio desde aquel día. En ese entonces el prefecto del Guayas llegaba a área de emergencia de una clínica en Samborondón junto a su hija, su chófer y su guardaespaldas.  Dos horas más tarde se declaró su muerte en medio de un escándalo judicial en que estaba envuelto el exfutbolista.